باکتری های ایجاد کننده عفونت مثانه به صورت طبیعی در اطراف مجرا هم در آقایان و هم در خانم ها دیده می شود ولی در خانم ها بواسطه کوتاه بودن طول مجرا، باکتریها خیلی راحت تر به درون مثانه راه پیدا می کنند. پس از ورود باکتری به درون مثانه سیستم های دفاعی مثانه مانع از ایجاد عفونت می شوند. فقط در موارد خاصی که سیستم های دفاعی نتوانند بر رشد باکتری غلبه یابند عفونت ادراری ایجاد می شود. عفونت مثانه در بین خانم ها در سنین 20 تا 50 سال شایع تر است.
بارداری احتمال ابتلا به عفونت در هر یک از بخش‌های دستگاه ادراری را بالا می‌برد. مقدار زیاد هورمون پروژسترون، موجب شل شدن عضلات حالب و در نتیجه گشادتر شدن حالب می‌شود. رحم در حال رشد، می‌تواند به حالب ها فشار وارد آورد و جریان ادرار را در داخل آن‌ها مختل و سرعت ادرار را کم کند. رشد جنین نیز موجب فشار بر روی مثانه می‌شود و در نتیجه تخلیه مثانه هنگام دفع کامل نخواهد بود. در نتیجه، این اختلالات باعث می‌شود که عبور ادرار در مسیر دستگاه ادراری بیشتر طول بکشد و باکتریها قبل از خروج از بدن زمان بیشتری برای تکثیر در اختیار خواهند داشت.